利用SSR分子标记分析云南陆稻品种遗传多样性

doi:10.3969/j.issn.10017216.2012.02.004

中国水稻科学 ›› 2012, Vol. 26 ›› Issue (2): 155-164.DOI: 10.3969/j.issn.10017216.2012.02.004

利用SSR分子标记分析云南陆稻品种遗传多样性

徐建欣,王云月*,姚春,刘云霞,汤淼,陆明兴

云南农业大学农业生物多样性与植物病害控制教育部重点实验室，云南昆明 650201

收稿日期:2011-07-15 修回日期:2011-01-06 出版日期:2012-03-10 发布日期:2012-03-10
通讯作者: 王云月*
基金资助:
国家973计划资助项目(2006CB100205)；云南省水稻产业技术体系资助项目（A3006517）。

Genetic Diversity of Upland Rice Varieties in Yunnan Province Revealed by SSR Markers

XU Jianxin, WANG Yunyue* , YAO Chun, LIU Yunxia, TANG Miao, LU Mingxing

Ministry of Education, Key Laboratory of Agrobiodiversity and Plant Disease Management, Yunnan Agricultural University, Kunming 650201, China;

Received:2011-07-15 Revised:2011-01-06 Online:2012-03-10 Published:2012-03-10
Contact: WANG Yunyue*

摘要/Abstract

摘要： 利用24对SSR引物对云南131个陆稻品种进行遗传多样性分析。共检测到195个等位基因。每个位点的等位基因数平均为8.125个，范围在5(RM55)～13(RM218、RM241)之间；平均表观杂合度为0.0014，平均期望杂合度为0.6545；平均ShannonWeaver指数(I)为1.381；Nei基因多样性指数(H)平均为0.6543，变幅为0.2073(RM235)～0.8689(RM218)。不同地区间陆稻种质资源遗传多样性比较分析表明，滇西南和滇南地区存在丰富的遗传变异，是云南陆稻品种遗传多样性的分布中心。藏缅语族和孟高棉语族所种植的陆稻品种遗传多样性最丰富。AMOVA分析表明陆稻的遗传变异主要存在于地区内品种间(82%)，只有3%遗传变异存在于地区间，品种内的遗传变异占15%。聚类分析显示Nei遗传相似系数为0.22时，云南陆稻品种分为籼粳两个类群，主坐标分析与UPGMA聚类结果基本吻合，并将类群Ⅳ的4个偏籼品种从粳稻类群中重新划归到籼稻类群中，校正了UPGMA聚类的误差，但是不能区分地理组。

关键词: 陆稻, 遗传多样性, 简单重复序列, 主坐标分析

Abstract: Genetic diversity of 131 Yunnan upland rice varieties was analyzed by using 24 SSR markers. The average number of alleles per locus was 8.125 with a range from 5(RM55) to 13(RM218, RM241).Mean observed heterozygosity and mean expected heterozygosity were 0.0014 and 0.6545, respectively. Average ShannonWeaver index (I) was 1.381. The Nei′s genetic diversity index (H) ranged from 0.2073(RM235) to 0.8689(RM218) with an average value of 0.6543. The southwest, south of Yunnan were the distribution center of genetic diversity of upland rice varieties in Yunnan, because the highest genetic variation was found in these areas. The analysis of molecular variance(AMOVA) indicated that 82% of the variation was from differences among varieties within regions, and only 3% was due to differences among regions and 15% within varieties. The upland rice varieties planted by TibetoBurman and the MonKhmer family had the most abundant genetic diversity. Cluster analysis showed those varieties could be divided into indica and japonica at the Nei′s genetic similarity of 0.22, but not by geographical distribution. The results of principal coordinates analysis were basically consistent with the UPGMA cluster, four partial indica varieties from group Ⅳ were reclassified into japonica group, the error of the UPGMA cluster was corrected.

Key words: upland rice, genetic diversity, simple sequence repeat, principal coordinates analysis

中图分类号:

徐建欣,王云月*,姚春,刘云霞,汤淼,陆明兴. 利用SSR分子标记分析云南陆稻品种遗传多样性[J]. 中国水稻科学, 2012, 26(2): 155-164.

XU Jianxin, WANG Yunyue* , YAO Chun, LIU Yunxia, TANG Miao, LU Mingxing. Genetic Diversity of Upland Rice Varieties in Yunnan Province Revealed by SSR Markers[J]. Chinese Journal of Rice Science, 2012, 26(2): 155-164.

参考文献

\[1\]Venuprasad R L, Atlin H R. Response to direct selection for grain yield under drought stress in rice. Crop Sci,   2007, 47(1): 285.

\[2\]薛全义, 荆宇, 华玉凡. 略论我国旱稻的生产及发展. 辽宁农业职业技术学院学报, 2002, 4(2): 13.

\[3\]李自超, 刘文欣, 赵笃乐. PEG胁迫下水、陆稻幼苗生长势比较研究. 中国农业大学学报, 2001, 6(3): 1620.

\[4\]叶元林, 水建国, 王安明, 等. 旱稻的特性及其效益分析. 中国稻米, 2003 (6): 2628.

\[5\]李自超, 张洪亮, 曾亚文, 等. 云南稻种资源表型遗传多样性的研究. 作物学报, 2001, 27(6): 832837.

\[6\]曾亚文, 李自超, 申时全, 等. 云南地方稻种的多样性及优异种质研究. 中国水稻科学, 2001, 15(3): 169174.

\[7\]吴芳, 殷寿华, 张远辉, 等. 云南热区传统陆稻品种的形态农艺性状多样性研究. 广西农业生物科学, 2003, 22(4): 244248.

\[8\]Zhang Q, Maroof M A S, Lu T Y, et al. Genetic diversity and differentiation of indica and japonica rice detected by RFLP analysis. Theor Appl Genet,   1992, 83(4): 495499.

\[9\]Yu L X, Nguyen H T. Genetic variation detected with RAPD markers among upland and lowland rice cultivars (Oryza sativa L.). Theor Appl Genet,   1994, 87(6): 668672.

\[10\]Tang A, Shao G N, Jiao G A, et al. Comparative assessment of SSR diversity in aromatic rice germplasm. Hereditas (Beijing), 2009, 31(4): 412419.

\[11\]伍绍云, 金建昌. 云南澜沧县陆稻品种资源多样性和原生境保护. 植物资源与环境学报, 2000, 9(4): 3943.

\[12\]蒋志农. 云南稻作. 昆明: 云南科技出版社, 1995: 222.

\[13\] Zhang H, Sun J, Wang M, et al. Genetic structure and phylogeography of rice landraces in Yunnan, China, revealed by SSR. Genome,   2007, 50(1): 7283.

\[14\]Yeh F V, Yang R, Boyle T. Microsoft Windowbased Freeware for Population Genetic Analysis (Popgene 1.32). Edmonton: Canada University of Alberta and Centre for International Forestry Research, 1999.

\[15\]Meirmans P G. Using the AMOVA framework to estimate a standardized genetic differentiation measure. Evolution,   2006, 60(11): 23992402.

\[16\]Xu S, Chen JIE, Liu L, et al. Proteomics associated with virulence differentiation of Curvularia lunata in maize in China. J Integr Plant Biol,   2007, 49(4): 487496.

\[17\]陈丽晖, 梁晓慧, 李科. 基于陆稻地方品种农家保护决策行为的支持系统研究——以云南省景洪市江头曼咪寨为例. 云南地理环境研究, 2009, 21(2): 715.

\[18\]张立娜, 曹桂兰, 韩龙植. 中国不同地理来源旱稻地方品种的遗传相似性研究. 中国农业科学, 2010, 43(17): 34813488.

\[19\]吕广磊, 蔺忠龙, 白现广, 等. 云南栽培稻种SSR遗传多样性比较. 植物学报, 2009, 44(4): 457463.

\[20\]于萍, 李丽, 吕建珍, 等. 太湖流域粳稻地方品种的微卫星分析. 中国水稻科学, 2009, 23(2): 148152.

\[21\]曾亚文, 李自超. 云南地方稻种籼粳亚种的生态群分类及其地理生态分布. 作物学报, 2001, 27(1): 1520.

\[22\]管彦波. 云南稻作源流史. 北京: 民族出版社， 2005：5.

\[23\] 尹绍亭. 基诺族刀耕火种的民族生态学研究. 农业考古，1988(1)： 318334.

\[24\] 周成清. 云南陆稻栽培. 昆明: 云南科技出版社，2007: 15.

\[25\] 薛付忠，王沽贞，张娜，等. 人类群体遗传结构的图论主坐标分析方法. 山东大学学报: 医学版，2006， 44(2)： 109113.

\[26\] 宋烨，翟衡，姚玉新，等. 苹果加工品种遗传多样性分析. 中国农业科学， 2006， 39(1)：139144.

[1]	董俊杰, 曾宇翔, 季芝娟, 梁燕, 杨长登. 273份水稻种质资源的遗传多样性、群体结构与连锁不平衡分析[J]. 中国水稻科学, 2021, 35(2): 130-140.
[2]	朱名海, 彭丹丹, 舒灿伟, 周而勋. 海南南繁区水稻纹枯病菌的遗传多样性与致病力分化[J]. 中国水稻科学, 2019, 33(2): 176-185.
[3]	朱名海, 皮磊, 舒灿伟, 周而勋. 南繁区稻瘟病菌遗传多样性和群体遗传结构的AFLP分析[J]. 中国水稻科学, 2017, 31(3): 320-326.
[4]	袁筱萍, 王彩红, 邓宏中, 徐群, 冯跃, 余汉勇, 王一平, 魏兴华. 亚洲栽培稻遗传变异分析最少SSR引物数的研究[J]. 中国水稻科学, 2015, 29(6): 578-586.
[5]	王玲, 左示敏, 张亚芳, 陈宗祥, 潘学彪, 黄世文. 四川省稻瘟病菌群体遗传结构分析[J]. 中国水稻科学, 2015, 29(3): 327-334.
[6]	刘承晨, 赵富伟, 吴晓霞, 张昌泉, 朱孔志, 薛达元, 武建勇, 黄绍文, 徐小颖, 金银根, 刘巧泉. 云南哈尼梯田当前栽培水稻遗传多样性及群体结构分析[J]. 中国水稻科学, 2015, 29(1): 28-34.
[7]	孙建昌1,2,余滕琼3,汤翠凤3,曹桂兰1,徐福荣3,韩龙植1,*. 基于SSR标记的云南地方稻种群体内遗传多样性分析[J]. 中国水稻科学, 2013, 27(1): 41-48.
[8]	周振玲1,2,王宝祥1,樊继伟1,卢百关1,赵志刚2,江玲2,秦德荣1,万建民2,3 ,徐大勇1,2，*. 江淮稻区不同生态型粳稻品种的籼粳分化度和遗传多样性[J]. 中国水稻科学, 2012, 26(4): 431-437.
[9]	王彩红,徐群,于萍,袁筱萍,余汉勇,王一平,汤圣祥,魏兴华*. 亚洲栽培稻程氏指数与SSR标记分类的比较分析[J]. 中国水稻科学, 2012, 26(2): 165-172.
[10]	刘丹,孙健,马殿荣,王嘉宇,唐亮,苗微,陈温福. 利用SRAP分子标记分析47份杂草稻样品遗传多样性[J]. 中国水稻科学, 2012, 26(1): 70-76.
[11]	张荣胜1,2,陈志谊1，*,刘永锋1. 水稻细菌性条斑病菌遗传多样性和致病型分化研究[J]. 中国水稻科学, 2011, 25(5): 523-528.
[12]	张亚洁, 华晶晶, 李亚超, 陈莹莹, 杨建昌*. 不同种植方式下磷素营养对陆稻和水稻米质的影响[J]. 中国水稻科学, 2011, 25(4): 399-406.
[13]	董超, 徐福荣, 杨文毅, 张恩来, 杨雅云, 汤翠凤, 阿新祥, 戴陆园,. 布朗族当前种植稻作地方品种的SSR位点多样性分析[J]. 中国水稻科学, 2011, 25(2): 175-181 .
[14]	李小湘, 刘勇,段永红,王淑红,詹庆才,孙桂华,高立志,. 利用SSR分析普通野生稻自然居群交配系统[J]. 中国水稻科学, 2010, 24(6): 601-607 .
[15]	江云珠,汤圣祥,唐健. 中国栽培稻等位酶的遗传结构及地理分布[J]. 中国水稻科学, 2010, 24(5): 453-462 .

利用SSR分子标记分析云南陆稻品种遗传多样性

Genetic Diversity of Upland Rice Varieties in Yunnan Province Revealed by SSR Markers

PDF

可视化

被引次数

摘要/Abstract

引用本文

使用本文

参考文献

相关文章 15

编辑推荐

Metrics